Kekalahan dalam derby Florida itu merupakan kekalahan kelima Miami dalam tujuh pertandingan di semua kompetisi saat mereka turun ke posisi keenam di Wilayah Timur.
Pemain depan Argentina Messi, 37 tahun, yang merupakan pemenang Ballon d’Or delapan kali, hanya melepaskan dua tembakan tepat sasaran dan gagal melakukan tendangan bebas dalam penampilan yang tenang.
“Sekarang kita akan benar-benar melihat apakah kita adalah tim di masa-masa sulit, karena ketika semuanya berjalan dengan baik, semuanya menjadi sangat mudah,” kata Messi.
“Ketika masa-masa sulit datang, saat itulah kita harus lebih bersatu dari sebelumnya, menjadi tim sejati, dan menyatukan diri.”
Orlando unggul sebelum turun minum melalui Luis Muriel, sebelum gol-gol di babak kedua dari Marco Pasalic dan Dagur Dan Thorhallsson.
Miami, yang memuncaki Wilayah Timur musim lalu, telah kebobolan 20 gol dalam tujuh pertandingan terakhir mereka dengan satu-satunya kemenangan mereka diraih saat melawan New York Red Bulls.
Kemerosotan performa klub terjadi sebelum penampilan mereka di Piala Dunia Antarklub bulan depan di Amerika Serikat.
Pelatih kepala Javier Mascherano, yang mengambil alih Miami pada bulan November, mengulangi kata-kata kapten Messi.
“Ketika Anda berada dalam dinamika ini, jika kita masing-masing mulai menarik diri ke samping, mustahil untuk mengatasi momen itu,” kata Mascherano.
“Jelas bahwa kita harus mengatasi ini bersama-sama karena jelas tim ini telah menunjukkan, terutama di awal musim, apa yang mampu mereka lakukan.”
Di tempat lain, juara bertahan LA Galaxy, yang telah membuat awal terburuk untuk musim MLS dalam sejarah, bangkit dari ketertinggalan 2-0 untuk bermain imbang dengan Los Angeles FC.
Mantan penyerang Borussia Dortmund dan Jerman Marco Reus mencetak dua gol saat Galaxy melanjutkan kampanye tanpa kemenangan mereka dengan timnya berada di dasar klasemen Wilayah Barat dengan empat poin.